Joint Bayesian modelling of molecular QTL and GWAS effects improves polygenic prediction for complex traits
SBayesCO は、GWAS と分子 QTL の効果サイズを遺伝的に相関する形質として共同でベイズ推定する新しい枠組みであり、複雑形質の多遺伝子予測精度と SNP の優先順位付けを向上させることを示しました。
📄 Category
genetic and genomic medicine
189 件の論文
XMR: A cross-population Mendelian randomization method for causal inference using genome-wide summary statistics
この論文は、非ヨーロッパ系集団におけるゲノムワイド関連解析のサンプルサイズ不足を解消し、ヘルスケアの公平性を向上させるため、補助的な GWAS 集約統計データを活用して交差集団メンデルランダム化手法「XMR」を提案し、統計的検出力の向上と新たな因果関係の発見を実証したものである。
Practice-Based Insights into Adult Genetics: High Diagnostic Yield, Demographic Determinants, and Patterns of Test Utilization across 10,000 Patient Encounters
この研究は、1 万人以上の成人患者の電子健康記録データを分析し、遺伝子検査の診断的中率が高いこと、年齢や適応症による結果の差異、および保険やラボの政策変化が検査利用に与える影響を明らかにし、成人遺伝学の実践的ガイドライン策定とゲノム医療の普及に貢献する知見を提供した。
Enhanced EBNA2-dependent activity in EBV-transformed B cells from patients with multiple sclerosis
この研究は、多発性硬化症患者由来の EBV 変換 B 細胞において、EBV 遺伝子 EBNA2 の活性増強が宿主の遺伝的リスク部位と相互作用し、遺伝子発現やクロマチンアクセシビリティを変化させることで同疾患の発症メカニズムに関与していることを明らかにしたものである。
Genetically proxied inhibition of angiotensinogen synthesis is associated with lower cardiovascular risk
ヒトの遺伝的証拠により、肝臓でのアンジオテンシノゲン合成阻害が血圧低下を介して冠動脈疾患、脳卒中、心不全のリスクを低下させ、安全性上の重大な懸念も伴わないことが示されました。
Integrative screening identifies functional variants and VNTRs underlying GWAS signals at the 5p15.33 multi-cancer susceptibility locus
この研究は、統合的なスクリーニング手法を用いて、多様ながん種で拮抗的な多面性を示す 5p15.33 領域の GWAS シグナルを解明し、SNP と VNTR の両方がヒッポ経路転写因子を介してがん感受性を媒介していることを明らかにした。
PanelAppRex aggregates disease gene panels and facilitates sophisticated search
PanelAppRex は、58,000 件以上の遺伝子パネル関連情報を統合し、自然言語による高度な検索と機械可読なデータ出力を提供することで、疾患遺伝子パネルの断片化とアクセス性の課題を解決する統合データセットおよび検索ツールを開発した。
Whole-genome variant detection in long-read sequencing data from ultra-low input patient samples
この論文は、従来の長鎖リードシーケンシングの課題であった高DNA投入量要件を克服し、超低入力サンプルから高精度な全ゲノム変異検出を可能にする「ULI-HiFi」法を開発・評価し、特に短鎖リードでは検出困難な領域や疾患関連遺伝子（LIMD1）における変異の解析を通じて、患者サンプルの遺伝子特性解明と疾患理解の向上に貢献したことを報告しています。
Gene Portals: A Framework for Integrating Clinical, Functional, and Structural Evidence into Rare Disease Variant Classification
本論文は、臨床、機能、構造データを統合した「Gene Portals」というフレームワークを提案し、希少疾患のバリアント分類を自動化し、分子メカニズムの解明を支援する包括的なリソースとして実証したものである。
Cancer genomic profiling predicts pathogenicity of BRCA1 and BRCA2 variants
本研究は、12 万超のリアルワールドがんゲノムデータと機械学習を用いて BRCA1/2 変異の病原性を高精度に予測するモデルを開発し、多数の意義不明変異（VUS）の分類を可能にしたことを報告しています。
Rare Cholesterol Related Disorders: A Sterolomic Library for Diagnosis and Monitoring of Diseases
この論文は、コレステロール合成・代謝・輸送の遺伝性疾患の診断とモニタリングを支援するため、ギラード P 試薬を用いた誘導体化と質量分析を組み合わせて作成された、13 疾患の実測データと 8 疾患の予測データを含む初のステロールオミクスライブラリを提案するものである。
Impact of proteogenomic evidence on clinical success
本研究は、ヒトの遺伝的証拠に加え血漿タンパク質定量形質遺伝子座（pQTL）の証拠を統合することで、創薬ターゲットの臨床成功確率が単独の遺伝的証拠に基づく場合よりも大幅に向上し、特に限定的な遺伝的証拠しか持たなかったドラッガブルなタンパク質ファミリーにおいて顕著な恩恵が得られることを示しています。
Association of the FTO rs9939609 variant with glycemic control
メキシコ人の2 型糖尿病患者を対象とした本研究では、FTO 遺伝子多型 rs9939609 のA 対立遺伝子が、薬物療法を受けている場合でも血糖コントロール不良と有意に関連していることが示されました。
Leveraging the Genetics of Psychiatric Disorders to Prioritize Potential Drug Targets and Compounds
この論文は、4 つの精神疾患の遺伝学的データと大規模な分子形質データを統合して解析し、既存薬の適応症拡大や新規創薬ターゲットの特定など、精神疾患治療の最適化に寄与する遺伝学的根拠を提供するものである。
FA-NIVA: A Nextflow framework for automated analysis of Nanopore based long-read sequencing data for genetic analysis in Fanconi anemia
Fanconi 貧血の遺伝子解析において、Nanopore 長リードシーケンシングデータから単一塩基多型と構造変異を包括的に検出・位相決定を行う自動化された Nextflow ワークフロー「FA-NIVA」が開発され、その再現性とスケーラビリティが保証された。
Pan-cancer tumour classification and risk stratification from whole-genome somatic variants via dual-task representation learning
本論文は、全ゲノム体細胞変異から直接がんの組織型および分子サブタイプを分類し、予後を層別化するための転移可能かつ解釈可能なTransformer モデル「MuAt2」を提案し、その有効性を示したものである。
Prediction of incident coronary artery disease in individuals with zero coronary artery calcium using a novel multi-ancestry, label-free polygenic risk score framework
ゼロ冠動脈石灰化スコア（CAC=0）でも、従来のアノニマラベルに依存しない新しい多民族ポリジェニックリスクスコア（PRS）フレームワークを用いることで、将来の冠動脈疾患リスクが有意に高く、治療閾値を超える集団を同定できることが示されました。
Too rare to be random: genetic finding suggests previously unrecognized path of mutagenesis
本研究は、HNRNPU 関連の神経発達障害を持つ一卵性双生児において、単一の突然変異事象の非対称修復に起因すると考えられる「クラスター化単対立遺伝子モザイシズム（cMoMa）」という新たな遺伝子構成を発見し、これが従来のモザイシズムの定義を超えた、これまで認識されていなかった突然変異経路の存在を示唆するものである。
Molecular characterisation of a Klebsiella pneumoniae neonatal sepsis outbreak in a rural Gambian hospital: a retrospective genomic epidemiology investigation
この研究は、ガンビアの農村地域にある病院で発生した多剤耐性 Klebsiella pneumoniae による新生児敗血症アウトブレイクを対象としたレトロスペクティブなゲノム疫学調査であり、全ゲノムシーケンシングを用いて感染源を静脈内輸液の再利用バッグと特定し、ST39-KL62 型という世界的に拡散しつつある高リスククローン株の特性と致死率の高さを明らかにしました。
Genetic liability to hip osteoarthritis confers neurovascular protection against Alzheimer's disease despite depression-mediated phenotypic comorbidity
この研究は、うつ病を介した疼痛による現象的な併存にもかかわらず、股関節骨粗鬆症の遺伝的素因が星状細胞と周皮細胞を介した神経血管ユニットの強化を通じてアルツハイマー病に対して神経保護作用をもたらすという、骨脳軸における生物学的拮抗関係を明らかにした。